Sau vụ ném bom nguyên tử tại Hiroshima và Nagasaki, dự án Manhattan bước khỏi màn bí mật; Oppenheimer trở thành một người phát ngôn quốc gia về khoa học, biểu tượng của một loại quyền lực kỹ trị mới.[82] Ông đột nhiên trở thành người có danh vọng được công chúng biết tới, và tên ông xuất hiện trên trang bìa các tạp chí như Life và Time.[118][119] Vật lý hạt nhân trở thành một thế lực hùng mạnh khi tất cả các nước trên thế giới bắt đầu nhận ra sức mạnh chính trị và chiến lược đi kèm với vũ khí hạt nhân. Như nhiều nhà khoa học cùng thời, ông nghĩ rằng an ninh hạt nhân chỉ có thể đến từ một tổ chức đa quốc gia như Liên Hợp quốc (vừa mới thành lập), để ban hành một chương trình ngăn chặn chạy đua vũ trang hạt nhân.[120]

Viện Nghiên cứu Cao cấp

Tháng 11 năm 1945, Oppenheimer rời Los Alamos để quay lại Caltech,[121] nhưng sớm nhận ra rằng mình không còn lòng dạ gì với việc giảng dạy.[122] Năm 1947, ông nhận lời để nghị từ Lewis Strauss để đảm nhiệm vị trí Viện trưởng của Viện Nghiên cứu Cao cấp tại Princeton, New Jersey. Điều này có nghĩa là ông phải di cư về miền đông và bỏ lại Ruth Tolman, vợ của bạn ông Richard Tolman, người mà ông bắt đầu có quan hệ sau khi rời Los Alamos.[123] Chỗ làm mới đi kèm với lương 20 nghìn đô/năm, cộng với chỗ ở miễn phí trong tòa nhà viện trưởng, một biệt thư thế kỉ 17 có cả đầu bếp và người làm, trong một khuôn viên bao quanh bởi 265 mẫu Anh (107 ha) rừng.[124]

Viện Nghiên cứu Cao cấp Princeton, New Jersey

Oppenheimer đưa tới viện mới thành lập nhiều trí thức ở thời hoàng kim sự nghiệp từ nhiều lĩnh vực khác nhau để giải quyết những vấn đề bức thiết nhất trong thời đại đó. Ông chỉ đạo và khuyến khích nhiều nhà khoa học nổi tiếng nghiên cứu, bao gồm Freeman Dyson, cặp đôi Dương Chấn Ninh và Lý Chính Đạo, những người nhận giải Nobel nhờ khám phá sự phá vỡ bảo toàn tính chẵn lẻ. Ông cũng cấp quyền thành viên tạm thời cho nhiều học giả bên ngành nhân văn, như T. S. Eliot và George F. Kennan. Một vài người khoa toán lấy làm bất bình bởi điểu này, họ muốn viện phải là một thành trì cho nghiên cứu khoa học thuần túy. Abraham Pais có nói rằng chính Oppenheimer từng cho rằng một trong những thất bại của ông trong thời gian ở viện là không thể nào đem những học giả từ hai nhánh khoa học tự nhiên và nhân văn lại với nhau.[125]

Một chuỗi những hội nghị ở New York từ 1947 tới 1949 chứng kiến các nhà vật lý chuyển từ công việc thời chiến về các vấn đề lý thuyết. Dưới sự dẫn dắt của Oppenheimer, các nhà vật lý đã giải quyết những vấn đề lớn nhất còn tồn tại những năm trước chiến tranh: vô hạn, phân kỳ, và những biểu hiện không xác định được trong điện động lực học lượng tử của các hạt cơ bản. Julian Schwinger, Richard Feynman và Shin'ichiro Tomonaga giải quyết bài toán về hiệu chỉnh (tiếng Anh:regularization), và phát triển những kỹ thuật mà về sau được gọi là tái chuẩn hóa. Freeman Dyson thành công trong việc chứng minh những quy trình của họ đem lại kết quả tương tự. Vấn đề hấp thụ meson và định lý Hideki Yukawa về vai trò hạt tải lực hạt nhân mạnh của meson cũng được giải quyết. Đi theo những câu hỏi gợi ý từ Oppenheimer, Robert Marshak đưa ra "giả thiết hai meson": rằng thực ra có hai loại meson, pion và muon. Điều này dẫn tới đột phá của Cecil Frank Powell trong việc khám phá ra pion về sau nhận được giải Nobel.[126][chú thích 3]

Ủy ban Năng lượng nguyên tử

Là một thành viên của Hội đồng tư vấn cho Ủy ban Lâm thời tường trình với Truman, Oppenheimer có ảnh hưởng quan trọng lên Báo cáo Acheson–Lilienthal. Trong báo cáo này, ủy ban kêu gọi thành lập một Cơ quan Phát triển Nguyên tử Quốc tế, nắm giữ mọi vật liệu phân hạch cũng như phương pháp sản xuất chúng, chẳng hạn như các mỏ phóng xạ và phòng thí nghiệm, cũng như các nhà máy điện hạt nhân để phục vụ sản xuất năng lượng hòa bình. Bernard Baruch được chỉ định để dịch báo cáo này thành một đề xuất tới Liên Hợp Quốc thành Kế hoạch Baruch năm 1946. Kế hoạch Baruch đưa thêm vào nhiều điều khoản liên quan tới việc bắt buộc thi hành, đặc biệt là đòi hỏi thẩm tra tài nguyên uranium của Liên Xô. Kế hoạch Baruch bị xem như một nỗ lực nhằm duy trì độc quyền hạt nhân của Hoa Kỳ và bị Liên Xô bác bỏ. Khi điều này xảy ra, Oppenheimer thấy rõ rằng chạy đua vũ trang trở nên không thể tránh khỏi, do sự nghi ngờ lẫn nhau giữa Hoa Kỳ và Liên Xô,[128] đất nước mà ngay cả Oppenheimer cũng bắt đầu e dè.[129]

Oppenheimer năm 1946 với điếu thuốc lá đặc trưng của ông

Sau khi Ủy ban Năng lượng Nguyên tử (tiếng Anh: Atomic Energy Commission, viết tắt AEC) ra đời năm 1947 như một cơ quan dân sự kiểm soát các vấn đề nghiên cứu và vũ khí hạt nhân, Oppenheimer được bổ nhiệm làm Chủ tịch Hội đồng Tư vấn chung (GAC). Ở vị trí này ông đã cố vấn trên một số vấn đề liên quan tới hạt nhân, bao gồm việc cấp quỹ nghiên cứu, xây dựng phòng thí nghiệm và cả chính sách quốc tế-mặc dù những lời khuyên của Hội đồng không phải lúc nào cũng được lắng nghe.[130] Là Chủ tịch hội đồng, Oppenheimer đã nỗ lực vận động cho việc kiểm soát vũ khí quốc tế và đầu tư cho khoa học cơ bản, và thử tìm cách ảnh hưởng đưa chính sách ra khỏi một cuộc chạy đua vũ trang nóng bỏng. Khi chính phủ đặt câu hỏi liệu có nên theo đuổi một chương trình cấp tốc phát triển vũ khí hạt nhân dựa trên tổng hợp hạt nhân—tức bom hiđrô—Oppenheimer ban đầu khuyến nghị bác bỏ nó, mặc dù ông từng ủng hộ phát triển một vũ khí như vậy thời còn ở trong Dự án Manhattan. Ý kiến này một phần có động lực là những lo ngại về đạo đức, bởi ông cảm thấy một vũ khí như vậy chỉ có thể sử dụng làm vũ khí chiến lược nhắm vào mục tiêu dân sự, dẫn đến cái chết của nhiều triệu sinh mạng. Ông cũng có lo ngại không kém bởi lo ngại về mặt ứng dụng, bởi ở thời điểm đó không có một thiết kế bom hiđrô tỏ ra khả dĩ. Oppenheimer cảm thấy tốt hơn là nên dành nguồn lực để chế tạo một lực lượng lớn các vũ khí phân hạch. Ông và những người khác đặc biệt quan ngại về việc các lò phản ứng hạt nhân chuyển từ sản xuất plutonium sang tritium.[131] Tuy nhiên họ bị gạt ra ngoài lề bởi Truman, người công bố chương trình khẩn cấp sau khi Liên Xô thử quả bom nguyên tử đầu tiên của họ năm 1949.[132] Oppenheimer và những người khác trong Hội đồng phản đối dự án này, đặc biệt là James Conant, cảm thấy mình bị hắt hủi và cân nhắc việc từ chức rút lui khỏi hội đồng. Cuối cùng họ chọn ở lại, nhưng quan điểm của họ về bom hiđrô được biết đến rộng rãi.[133]

Tuy nhiên vào năm 1951, Edward Teller và nhà toán học Stanislaw Ulam thiết kế thành công thứ về sau gọi là thiết kế Teller-Ulam cho bom hiđrô.[134] Thiết kế mới này tỏ ra khả dĩ về mặt kĩ thuật và Oppenheimer thay đổi ý kiến của mình về nó. Sau này ông nhớ lại:

Chương trình mà chúng tôi có năm 1949 là một thứ vẹo vọ mà bạn có thể lập luận rằng sẽ không có mấy ý nghĩa [để thực hiện]. Do đó có thể lập luận rằng bạn không muốn nó kể cả bạn có thể có nó. Chương trình năm 1951 ngon lành tới nỗi bạn không thể bàn cãi gì về điều đó nữa. Vấn đề đã thuần túy trở thành những vấn đề quân sự, chính trị và nhân đạo về chuyện bạn sẽ làm gì với nó một khi bạn có nó.[135]

Điều trần an ninh

FBI dưới quyền J. Edgar Hoover đã theo dõi Oppenheimer kể từ trước chiến tranh, do cảm tình với cộng sản của ông lúc còn là giáo sư tại Berkeley và gần gũi với nhiều thành viên Đảng Cộng sản, bao gồm vợ và em trai ông. Ông nằm dưới sự theo dõi chặt chẽ từ đầu những năm 1940, cả nhà và văn phòng của ông có gắn thiết bị thu âm, điện thoại của ông bị nghe lén và thư từ của ông bị lục mở.[136] FBI cung cấp cho những đối thủ chính trị của Oppenheimer với những bằng chứng có thể quy tội về những mối quan hệ cộng sản của ông. Trong số những đối thủ này có Strauss, một ủy viên khác của AEC người từ lâu mang nặng sự căm giận đối với Oppenheimer bởi thái độ phản đối bom hiđrô của ông cũng như bởi Oppenheimer từng làm bẽ mặt Strauss trước Quốc hội mấy năm trước đó: khi Strauss phản đối xuất khẩu các đồng vị phóng xạ cho các nước khác vì cho chúng có vai trò chiến lược, Oppenheimer chế giễu rằng các đồng vị này "ít quan trọng hơn các thiết bị điện tử nhưng quan trọng hơn, xem nào, chẳng hạn vitamin".[137]

Tổng thống Dwight D. Eisenhower nhận một bản báo cáo từ Lewis L. Strauss, Chủ tịch Ủy ban Năng lượng Nguyên tử Hoa Kỳ, về các vụ thử bom hiđrô trong Chiến dịch Lâu đài ở Thái Bình Dương ngày 30 tháng 3 năm 1954. Strauss gây áp lực đòi thu hồi quyền miễn trừ an ninh của Oppenheimer.

Ngày 7 tháng 6 năm 1949, Oppenheimer ra làm chứng trước Ủy ban Hạ viện về các hoạt động phi Mỹ (tiếng Anh:House Un-American Activities Committee, viết tắt HUAC), thừa nhận mình có những mối liên hệ với Đảng Cộng sản những năm 1930.[138] Ông làm chứng rằng một số học trò của mình, bao gồm David Bohm, Giovanni Rossi Lomanitz, Philip Morrison, Bernard Peters và Joseph Weinberg, từng là đảng viên thời gian họ làm việc với ông ở Berkeley. Frank Oppenheimer và vợ là Jackie làm chứng trước HUAC và thừa nhận họ từng là đảng viên cộng sản. Sau đó Frank bị sa thải khỏi Đại học Minnesota. Sau nhiều năm liền không tìm được công việc liên quan tới vật lý, ông đành trở thành một người chăn gia súc ở Colorado. Về sau ông dạy vật lý ở một trường trung học và quan tâm tới cải cách giáo dục, sáng lập Exploratorium ở San Francisco.[71][139]

Oppenheimer vướng vào không ít những tranh cãi và tranh giành quyền lực những năm 1949 tới 1953. Edward Teller, người hết sức không hứng thú với nghiên cứu về bom nguyên tử ở Los Alamos thời chiến đến nỗi Oppenheimer cho phép ông dành thời gian nghiên cứu dự án riêng về bom hiđrô, cuối cùng đã rời Los Alamos năm 1951 để góp phần sáng lập nên một phòng thí nghiệm thứ hai (về sau trở thành Phòng thí nghiệm Quốc gia Lawrence Livermore). Ở đây, ông được thoát khỏi sự kiềm chế ở Los Alamos để phát triển bom hiđrô (tức bom nhiệt hạch). Những vũ khí nhiệt hạch "chiến lược" tầm xa sẽ cần tới máy bay ném bom phản lực, do đó đương nhiên thuộc quyền quản lý của Không quân Hoa Kỳ. Oppenheimer trong một vài năm đã vận động cho những vũ khí hạt nhân "chiến thuật" sẽ hữu dụng hơn ở một mặt trận hạn chế nhằm chống lại quân đối phương và do đó thuộc quyền của Lục quân. Hai nhánh của quân đội tranh giành nhau quyền kiểm soát vũ khí hạt nhân, trong quá trình đó kết cánh với các đảng phái khác nhau. Không quân, mà Teller dựa vào, giành được quyền lực dưới chính quyền Đảng Cộng hòa sau khi Dwight D. Eisenhower đắc cử Tổng thống năm 1952.[140]

Đồng nghiệp cũ của Oppenheimer, nhà vật lý Edward Teller, làm chứng cho chính phủ trong buổi điều trần an ninh của Oppenheimer năm 1954.[141]

Strauss và Thượng nghị sĩ Brien McMahon, tác giả của Luật McMahon năm 1946, thúc đẩy Eisenhower tước bỏ quyền miễn trừ an ninh của Oppenheimer. Ngày 21 tháng 12 năm 1953, Strauss nói riêng với Oppenheimer rằng quyền miễn trừ an ninh của ông đã bị ngưng, đang chờ một kết luận từ những cáo buộc được nêu lên trong một bức thư, và nói với Oppeheimer chuyện nên từ chức. Tuy nhiên ông chọn không từ chức mà yêu cầu một buổi điều trần. Các cáo buộc này đến từ Kenneth D. Nichols, Tổng quản lý của AEC và nguyên là một trong những sĩ quan cấp cao phụ trách Dự án Manhattan.[142][143] Buổi điều trần diễn ra vào tháng 4 và tháng 5 năm 1954, ban đầu có tính bí mật không được công khai, nhưng thông tin được báo chí thường xuyên đăng tải, tập trung vào những mối quan hệ với cộng sản trong quá khứ của Oppenheimer và những mối liên hệ với những nhà khoa học bị nghi ngờ là không trung thành hoặc theo cộng sản trong Dự án Manhattan. Bộ Năng lượng chỉ công khai toàn văn ghi chép buổi điều trần vào tháng 10 năm 2014.[144][145] Đại diện công tố là Roger Robb, người đã rò rỉ tin cho báo chí, bất chấp lời hứa ban đầu là giữ bí mật phiên điều trầnStern 1969, tr. 238, 257–260; ông này cũng vi phạm một số nguyên tắc tố tụng, chẳng hạn đọc lớn những văn bản đóng dấu tuyệt mật và ngăn cản luật sư đại diện cho Oppenheimer trước phiên điều trần hoặc tiếp cận các văn bản liên quan[146][147]

Một trong những yếu tố chính trong phiên điều trần này những lời khai trước đó của Oppeheimer rằng George Eltenton tiếp cận một số nhà khoa học ở Los Alamos, một câu chuyển mà Oppenheimer thú nhận là đã dựng nên để bảo vệ bạn mình là Haakon Chevalier. Oppenheimer không biết là cả hai phiên bản mâu thuẫn nhau trong những lần thẩm tra ông một thập kỷ trước đó đều bị ghi âm lại. Ông lấy làm ngạc nhiên khi nhân chứng đưa ra biên bản thẩm tra mà khi đó ông không được quyền xem lại. Thực tế, Oppenheimer chưa từng nói với Chevalier rằng ông cuối cùng đã nêu tên ông này, và lời làm chứng này cuối cùng đã làm Chevalier mất việc. Cả Chevalier và Eltenton xác nhận đã từng đề cập rằng họ có cách để đưa thông tin tới Liên Xô, Eltenton còn thú nhận ông đã nói điều này cho Chevalier và Chevalier thú nhận đã đề cập với Oppeheimer, nhưng chỉ trong lúc tán gẫu và phủ nhận bất kỳ suy nghĩ hay gợi ý phản quốc hay ý tưởng về gián điệp, dù là lập kế hoạch hay làm thực. Cả hai ông không ai bị kết tội hình sự.[148]

Teller làm chứng rằng ông cho rằng Oppenheimer trung thành với đất nước, nhưng thêm rằng:

Trong rất nhiều trường hợp, tôi đã thấy Oppenheimer hành xử-theo một cách mà theo tôi quá khó để hiểu nổi. Tôi hoàn toàn không tán thành ông ấy trong nhiều vấn đề và thành thực mà nói những hành động của ông ấy đối với tôi có vẻ khó hiểu và phức tạp. Ở mức độ đó tôi cảm thấy tôi muốn thấy những lợi ích sống còn của quốc gia nằm trong tay những người mà tôi hiểu rõ hơn, và do đó tin tưởng hơn. Trong nghĩa rất hạn chế này tôi muốn bày tỏ cảm giác rằng cá nhân tôi cảm thấy an toàn hơn nếu những vấn đề nhà nước ở trong những bàn tay khác.[149]

Những lời này ảnh hưởng nghiêm trọng tới Oppenheimer và khiến cả cộng đồng khoa học tức giận và về sau hầu như tẩy chay Teller khỏi giới học học thuật hàn lâm.[150] Groves, bị FBI đe dọa rằng ông đang có thể bị truy cứu như là một phần của kế hoạch che đậy liên hệ với Chevalier năm 1943, cũng làm chứng chống lại Oppenheimer một cách tương tự.[151] Ngoại trừ Teller, nhiều nhà khoa học hàng đầu, cũng như các nhân vật trong chính phủ và quân đội, đã làm chứng bảo vệ Oppenheimer. Sự không nhất quán trong lời khai và những hành vi thiếu cân nhắc của ông khi điều trần - có lúc ông nói rằng ông bị ghép vào "một câu chuyện bịa đặt" ("cock-and-bull story"), rằng đó là bởi vì ông "là một thằng ngốc"-chỉ làm cho một số người trong hội đồng tin rằng ông thất thường, không đáng tin cậy và do đó có thể là một mối đe dọa an ninh. Cuối cùng, quyền miễn trừ an ninh của Oppenheimer bị tước bỏ một ngày trước khi nó hết hạn.[152] Isidor Rabi bình luận rằng dù gì thì Oppenheimer chỉ thuần túy là một cố vấn của chính phủ (và không phải lúc nào cũng được lắng nghe), nên nếu chính quyền "không muốn tham vấn anh ta, thì thôi đừng tham vấn nữa".[153]

Trong phiên điều trần, Oppenheimer đã tự nguyện khai về hành vi thiên tả của nhiều đồng nghiệp của mình. Giả sử quyền miễn trừ an ninh của Oppenheimer không bị tước bỏ, hẳn ông sẽ bị nhớ như một tên "chỉ điểm" bạn bè để cứu danh tiếng bản thân.[154] Nhưng với kết cục của ông, hầu hết cộng đồng khoa học trở nên xem ông như một thánh tử đạo chịu nạn bởi chủ nghĩa McCarthy, một người tự do chiết trung bị tấn công một cách bất công bởi những kẻ thù cổ vũ chiến tranh.[155] Wernher von Braun khi tường trình trước một ủy ban Quốc hội đã châm biếm: "Nếu mà ở Anh, Oppenheimer đáng ra phải được phong tước hiệp sĩ".[156]

Trong một buổi thuyết trình ở Viện Woodrow Wilson ngày 20 tháng 5 năm 2009, dựa trên các sổ ghi chép lấy từ hồ sơ KGB, John Earl Haynes, Harvey Klehr và Alexander Vassiliev xác nhận rằng Oppenheimer chưa từng dính líu tới hoạt động gián điệp cho Liên Xô. KGB đã liên tục tìm cách chiêu mộ ông nhưng chưa từng thành công; Oppenheimer chưa từng phản bội Hoa Kỳ. Hơn nữa, ông đã cho sa thải vài người trong dự án Manhattan có cảm tình với Liên Xô.[157] Haynes, Klehr và Vassiliev cũng khẳng định rằng Oppenheimer "thực tế từng là một thành viên bí mật của Đảng cộng sản Mỹ cuối những năm 1930".[158] Theo nhà viết tiểu sử Ray Monk: "Ông từng là, theo nghĩa thực tiễn, là một người ủng hộ Đảng Cộng sản. Hơn nữa, xét về thời gian, nỗ lực và tiền bạc cho các hoạt động của Đảng, ông là một người ủng hộ phải nói là rất tích cực".[159]